Pro přesun programu Mzdy na nový počítač nestačí jen jednoduše zkopírovat celou složku programu, ale jsou nutná i další nastavení a zejména instalace systémové knihovnu CAPICOM (v případě, že se používá odesílání podání pro ČSSZ a certifikáty).
Správný postup je nejprve spustit úplnou instalaci a po jejím dokončení do nově vytvořené složky překopírovat kompletní složku programu ze starého počítače.
Druhou možností, pokud již je na novém počítači nakopírovaná složka ze starého počítače, je spustit úplnou instalaci do speciálního dočasného adresáře (např. c:\zeis\MzdyXXXXX\) a po jejím dokončení tento adresář (a případného zástupce na Ploše) smazat. Úplnou instalací dojde k nastavení potřebných parametrů Windows a doinstalování mj. knihovny CAPICOM.